波士顿儿童医院的癌症和血液疾病，与丹娜法伯癌症研究院紧密合作，成立了丹娜法伯波士顿儿童医院癌症中心。

该研究团队被美国新闻和世界报道评为全美权威的团队，为患有各种癌症和血液病的儿童提供治疗，包括较常见的和较罕见的癌症。除了儿童血液学家、肿瘤学家和护士，还包括儿童外科手术专家、影像学专家、病理学家、干细胞移植医生和心理学家。制定了综合性的医疗护理计划，能照顾到患有癌症和血液疾病的儿童各个方面的健康。

丹娜法伯波士顿儿童医院癌症中心的治疗是基于研究的基础之上。该中心主持世界上两个大的儿童癌症和血液病研究项目，许多医生是世界知名的医师和科学家，为患有难以治疗的疾病和病情反复的患者提供许多临床试验、特别治疗和高科技的资源，以提高其治效果。

波士顿儿童医院骨科中心成立于1903年，是全球较有经验的儿童骨科中心，也是全美大、业务较繁忙的儿童骨科中心，设13个专门诊所。每年接纳的患者达到96000人次，所做手术超过6000例。

心脏病中心致力于为每位儿童提供最优质的医疗服务，并对每个患者家庭提供长期的支持和帮助。一流的团队为儿童提供一系列的心脏病治疗,包括最罕见和最复杂的先天性心脏病的治疗、瓣膜修复、心脏移植等。在治疗最复杂的儿童心脏疾病的成功率上，医院位列世界首位。

波士顿儿童医院内分泌中心为患有严重的、慢性的胰腺、脑垂体、甲状腺、甲状旁腺、肾上腺、生殖腺和胰腺紊乱的儿童提供综合治疗。作为世界上大的儿童内分泌中心，有35位内分泌专家，每年接待的患者达到7000人， 22000人次。

波士顿儿童医院神经内科是世界上历史最悠久、规模最大和经验最丰富的小儿神经科，大多数的小儿神经学家在神经学的某个领域都有专门建树，为病人提供最先进的临床护理和微创技术。治疗的疾病包括：癫痫、脑瘫、先天畸形、肌肉萎缩症、自闭症、多发性硬化、脑瘤和脊髓肿瘤、脑血管障碍、代谢紊乱等。

波士顿儿童医院骨科中心成立于1903年，是全球较有经验的儿童骨科中心，也是全美大、业务较繁忙的儿童骨科中心，设13个专门诊所。每年接纳的患者达到96000人次，所做手术超过6000例。

波士顿儿童医院骨科中心致力于为患者提供综合的和人性化的医疗服务，包括肢体损伤、运动相关损伤或者较复杂的脊柱问题的治疗。提供骨科、发育障碍以及先天、神经肌肉和肌肉骨骼系统等诊疗服务，也提供物理治疗和职业病治疗以及矫正和假肢器官。

波士顿儿童医院肺病和呼吸疾病科为患有慢性及严重呼吸疾病的婴儿、儿童和青少年提供医疗服务。作为全美大的儿童肺病科，每年服务的病人多于11400人。由25名在职的小儿胸腔医学家、6名肺病科护士、5名护理实习生、9名研究员和呼吸及物理治疗家、2名营养学家和3名社工组成的多学科团队为肺病患者提供诊治和护理。

波士顿儿童医院具有全球大的儿童肠胃科。每天的门诊病人达到27000人次，在美国新闻和世界报道评比的权威的儿童消化紊乱中心中，始终位列前三。现行的临床研究和全套的诊断和治疗方法使波士顿儿童医院成为儿童消化紊乱的一站式服务中心。