质子治疗作为一种先进的放疗技术可应用于许多实体肿瘤，但目前还仅局限于未发生远处转移的实体肿瘤。也就是说，多数发生转移的癌症均无法采用质子治疗。
具体来说，就是检查结果中出现腹膜转移、胸膜转移、盆腔转移、脑转移、区域/远处淋巴结转移等所有带有转移字样的，都不适合质子治疗了。
胃癌、结直肠癌，不适合质子治疗
胃、结直肠属于空腔脏器，一般无法通过放射治疗获益，因此也不适用于质子治疗，尤其是对于没有远处转移的早中期患者，手术联合围手术期治疗可以实现更好的预后，因此，优选治疗手段是手术。
另外胃肠道本身具有蠕动特性（拿个听诊器听肚子，正常情况下每分钟能听到4-5次咕噜声，这就是肠道蠕动时发出的声音），这一特性对于照射精度要求非常高的质子治疗来说很棘手，所以大多数情况下，质子治疗是不用于胃肠道肿瘤的。
但有一个例外，部分局部复发的直肠癌患者，可以受益于质子治疗，但要求相对严格。
肾癌、乳腺癌暂不适合质子治疗
近年来，研究人员也逐渐开展研究针对质子治疗肾癌、乳腺癌的研究，但目前质子治疗肾癌、乳腺癌还没有进入临床，所以暂时还不能采用质子治疗应用于肾癌、乳腺癌。
以前做过放疗，需要看情况确定
通常来说，如果是现在肿瘤复发的部位和原来接受过放疗的部位完全相同的话，考虑到辐射剂量的问题，一般是很难再做质子治疗的。这是因为再次放疗可能会对身体造成严重的不可逆的损伤。
每个质子中心都有相应的规定，有些质子中心要求患者在过去3年内不能做过其他放疗。
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